Pod kierownictwem prof. Jana Żaryna, byłego senatora Prawa i Sprawiedliwości, instytut dokonał inwestycji w nieruchomości, w tym w budynek przy ulicy Powsińskiej 64A w Warszawie, zakupiony za 21 milionów złotych.
Kontrolerzy krajowej Administracji Skarbowej odkryli szereg nieprawidłowości związanych z tym zakupem. Według ich ustaleń, planowane muzeum było całkowicie fikcyjne, pozbawione jakichkolwiek podstaw w podjętych uchwałach i bez jakiegokolwiek projektu koncepcyjnego.
Kontrolerzy zarzucają byłemu ministrowi kultury i dziedzictwa narodowego Piotrowi Glińskiemu, że przekazywał środki na zakup nieruchomości wbrew opiniom departamentów i bez konkretnej koncepcji muzeum. Co więcej, instytut nabył nieruchomość na siedzibę muzeum, które w rzeczywistości nie istniało.16 października 2024 roku skarbówka skierowała do Prokuratury Krajowej zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez Jana Żaryna. Dodatkowo ustalono, że planowane muzeum nie zostało wpisane do oficjalnego wykazu muzeów.
Po zakupie budynku okazało się,że wymaga on gruntownego remontu. Prace adaptacyjne pochłonęły 10 milionów złotych. Dopiero wtedy Instytut dmowskiego przeprowadził kalkulację kosztów adaptacji budynku na cele muzealne, szacując je na 42 miliony złotych.
